Spółka PKP CARGO posiada następujące certyfikaty:
· Certyfikat Zintegrowanego Systemu Zarządzania:
· - System Zarządzania Jakością PN - EN ISO 9001
· - System Bezpieczeństwa i Higieny Pracy PN-N-18001
· - System Zarządzania Środowiskowego PN-EN ISO 14001
· - Wewnętrzny System Kontroli PN - EN ISO 9000, wydany przez PCBC S.A.
· Certyfikat na zgodność powyższych systemów z normami ISO, wydany przez PCBC S.A. i IQNet
· Certyfikat Bezpieczeństwa – część A, wydany przez Urząd Transportu Kolejowego
· Certyfikat na zgodność z normą ISO/IEC 27001, System Zarządzania Bezpieczeństwem Informacji, wydany przez Zakład Systemów Jakości i Zarządzania z Warszawy
· Świadectwo AEO – Status Upoważnionego Przedsiębiorcy, wydane przez Izbę Celną w Warszawie